O território do atual município de Santiago inscreve-se na chamada zona das Missões. Deve-se à situação geográfica o povoamento do núcleo, localizado num cruzamento de estradas entre a serra e a campanha, na chapada do Boqueirão. Ao tempo das sete reduções missionárias que dominaram a região, essa encruzilhada tornou-se caminho obrigatório e pouso de tropas fronteiriças, que dali marchavam para destinos divergentes.

Com a dominação portuguesa, as longas caravanas entre os Sete Povos e o Rio Pardo, evitavam, por impraticável, nos primeiros tempos, a feira de São Martinho e as planuras alagadiças do Rincão da Cruz, desfilando pela estrada jesuítica do Boqueirão até São Francisco de Assis, a oeste, de onde se dirigiam para o sul.

O historiador Hemetério Veloso da Silveira, ao ar por essas paragens, em 1856, participou da comissão de moradores que conseguiu de Inácio Gomes dos Santos a cessão da coxilha de seu rodeio para construção da capela e o traçado da vila, erigindo-se a capela, naquele ano, sob a invocação de Nossa Senhora da Conceição.

Durante a Revolução Federalista de 1893, travou-se em Santiago a batalha de Carovi. Em 1923, os oposicionistas, com Assis Brasil à frente, levantaram-se em armas contra a continuação de Borges de Medeiros no Governo.

Deve-se o topônimo Santiago a um pioneiro assim chamado, de origem desconhecida, que se fixou na ponta de um capão e deu nome ao lugar - Boqueirão do Santiago.

Em 1884 foi criado o município de Santiago, com território desmembrado do de São Borja.

Formação istrativa 2f1q6g

Distrito criado com a denominação de Santiago do Boqueirão pela Lei Provincial n.º 589, de 26-12-1866, e por Ato Municipal n.º 20, de 27-09-1892, subordinado ao município de São Borja.

Elevado à categoria de município com a denominação de Santiago do Boqueirão, pela Lei Provincial n.º 1.427, de 04-01-1884, sendo desmembrado do município de São Borja. Sede na povoação de Santiago do Boqueirão. Instalada em 25-08-1884.

Por Ato Municipal n.º 20, de 27-09-1892, é criado o distrito de Carovi e anexado ao município de Santiago do Boqueirão.

Por Ato Municipal n.º 18, de 01-01-1898, é criado o distrito de Vila Flores e anexado ao município de Santiago do Boqueirão.

Por Ato Municipal de 06-01-1910, é criado o distrito de Ernesto Alves e anexado ao município de Santiago do Boqueirão.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911 o município aparece constituído de 6 distritos: Santiago do Boqueirão, Carovi, Costa do Itu, Ernesto Alves, Rosário de Timas e Vila Flores.

Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município aparece constituído de 6 distritos: Santiago do Boqueirão, Carovi, Costa do Itu, Ernesto Alves e Vila Flores.

Por Ato Municipal n.º 124, de 31-12-1933, é criado o distrito de Itacorobi e anexado ao município de Santiago do Boqueirão.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1933 o município aparece constituído de 7 distritos: Santiago do Boqueirão, Carovi, Costa do Itu, Ernesto Alves, Itacorobi, Natividade e Vila Flores. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto Estadual n.º 7.199, de 31-03-1938, o município de Santiago do Boqueirão tomou o nome simplesmente de Santiago e o distrito de Vila Flores ou a chamar-se Flórida.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943 o município é constituído de 3 distritos: Santiago, Ernesto Alves e Florida, sendo que os distritos de Carovi, Itacurubi e Unistalda, aparecem figurando como sub-distritos do município de Santiago.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 3 distritos: Santiago do Boqueirão, Ernesto Alves e Flórida. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.

Pela Lei Municipal n.º 9, de 07-04-1965, foram criados os distritos de Carovi, Itacurubi, Tupantuba e Unistalda e anexados ao município de Santiago.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968 o município é constituído de 7 distritos: Santiago, Carovi, Ernesto Alves, Florida, Itacurubi, Tupantuba e Unistalda. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.

A Lei Estadual n.º 8.613, de 09-05-1988, alterada, pela Lei Estadual n.º 9.046, de 08-02-1990, desmembra do município de Santiago o distrito de Itacurubi, elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de 1988 o município é constituído de 6 distritos: Santiago, Carovi, Ernesto Alves, Florida, Tupantuba e Unistalda.

A Lei Estadual n.º 10.648, de 28-12-1995, desmembra do município Santiago o distrito de Unistalda, elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de 2001 o município é constituído de 4 distritos: Santiago, Ernesto Alves, Florida e Tupantuba. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.