HISTÓRICO:
Não guardou a tradição o nome dos primeiros desbravadores do local exato onde se ergue a Sede do Município de São João Nepomeceno, sabe-se, contudo, que, em época bem anterior a 1841, José Furtado de Menconça, conhecido na história por Garda-Mor Furatado de Mendonça, proprietário de uma Fazenda denominada "Roça Grande", adquiriu terrenos adjacentes e os doou à cúria, para que neles se erigisse uma capela e fosse estabelecido um curato. Em companhia de outros fazendeiros da redondeza, Antônio Dutra Nicacio, Manoel Rodrigues Nazaré e Domingos Ferreira Marques, levanta a capela que recebeu o nome " Capela do Rio Novo de Baixo", tendo como orago São João Nepomeceno.

O que se sabe, com absoluta certeza, é que já em 1841 o topônimo já era o atual.

OCUPAÇÃO DO TERRITÓRIO:
O Padre José Vicente César, muito seguro em suas afirmações, informa que, no primeiro decênio do século XIX, Domingos Henriques de Gusmão e seu tio Jacó Henriques, com mais membros da família Henriques, transferiram-se
de Capela Nova para a freguesia de São Manoel do Pomba, onde se fixaram. Toda a família era devota de São João Nepomuceno, que era o padroeiro da Fazenda da família, chamada Fazenda do Patrimônio, em Capela Nova. Dessa Fazenda do Patrimônio, assim chamada porque fora constuída em Patrimônio do Padre Jacó Henriques Pereira, foi levada a imagem de São João Nepomuceno. Em sua nova residência, na freguesia de São Manoel do Pomba, os membros da família edificaram a Capela onde, ao redor dela foi constituido o Povoado de São João Nepomuceno.

GENTÍLICO: Sanjoanense
EMANCIPAÇÃO:
São João Nepomeceno foi elevado a Vila e a Paróquia, em 27/11/1815; a Lei nº 202, de 01/04/1841, elevou o Povoado a Vila, constituindo o Município desmembrado do Pomba. A Lei nº 209, de 07 do mesmo mês e ano, elevou o Curato a Paróquia. No ano de 1851, foi suprimida a Paróquia e, em seguida, o Município. A 10/09/1851, foi a Sede da Vila transferida para o arraial do Cágado, que ou a denominar-se Mar de Espanha. A Lei 542, de 09/10/1851, suprimiu a freguesia, incorporando seu território ao de Rio Novo. Em 1859, a Lei nº 1053, de 06 de julho, restaurou a freguesia. Em 1868 foi restaurado o Município. A Lei nº 1600, de 28/07/1868, elevou a freguesia à Vila, ficando o Município de São João Nepomuceno constituido das freguesias de São João Nepomuceno, Rio Novo e do Distrito da Santissima Trindade do Descoberto, desmembrados do Município de Mar de Espanha, e ainda do Distrito de Piau, desmembrado do Município de Juiz de Fora. Em 1870, novamente perdeu São João Nepomeceno a regalia e Vila e Sede Municipal. A Lei nº 1664, de 13/09/1870, transferiu a sede Municipal para Rio Novo. Pela última vez, foi criado o Município de Sâo João Nepomuceno, com a Lei nº 2677, de 30/11/1880, que elevou a Freguesia à Vila. E a Lei nº 2848, de 25/10/1881, elevou a Vila à categoria de Cidade. O Município foi solenemente instalado à 07/01/1883, dia em que foi empossada a sua Cêmara Municipal.

Atualmente o Município é constituido dos Distritos: Sede, Carlos Alves, Ituí, Roça Grande e Taruaçú.

O Município é sede de Comarca.