O município de Amapari tem sua origem ligada à exploração de ouro pelos samaracá, uma espécie de grupo indígena oriundo da Guiana sa, que batizou a cidade escrevendo seu nome nas pedras brancas dos rios.

Em 1953, com a descoberta do minério de manganês na região, e em razão do difícil o, as constantes viagens de avião possibilitaram um dos pilotos avistar uma enorme pedra no rio Amapari que ou a ser utilizada como ponto de referência. A partir daí a localidade ou a ser identificada como Pedra Branca.

Formação istrativa 2f1q6g

Elevado à categoria de município com a denominação de Pedra Branca do Amapari, pela Lei Estadual n.º 08, de 01-05-1992, município de Macapá. Sede no atual distrito de Pedra Branca do Amapari (ex-povoado de Água Branca). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.

Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.